Так сложилось, что я использую оба плагина на разных сайтах. Оба плагина работают без нареканий. Плагин Cyr-to-Lat проще с минимум настроек. У плагина Cyrlitera настроек гораздо больше, функционал шире. Это особенно хорошо для рабочих проектов, а также при смене плагинов транслитерации. Для новых сайтов ставлю Cyr-to-Lat (поставил и забыл). Выделить лучший из этих двух плагинов не могу. Время покажет, какой из них останется без обновления.